ipyrad分析工具¶
ipyrad通过一系列的分析工具将位点信息或SNP信息进行有效地分类、将个体信息归类到群体数据、过滤missing data、并行运算，使其能更好地进行下游的推断性分析（例如，STRUCTURE, BUCKy，BPP）。
本节展示了一系列使用Jupyter notebooks(可复写工具)的案例分析。实际上，ipyrad最初设计就是与jupyter无缝衔接的。使用Jupyter notebook运行以下指导手册，并且在notebook中使用ipyrad，最后在notebook中检查这些分析工具。
Jupyter notebooks¶
这是使用ipyrad的一个可选择工具，我们强烈建议读者学习。以下是学习视频链接。
- Jupyter Notebook简介（video）
- 在HPC服务器上运行jupyter
- 更多并行运算
ipyrad API 全案例¶
这些notebooks展示了使用ipyrad API的案例
- Pedicularis API (马先蒿属, run in jupyter-notebook)
- Finch API (雀类, run in jupyter-notebook)
ipyrad API 分析工具¶
这些notebooks展示了如何使用Jupyter-notebook运行平行的下游分析，并且通过ipyrad分析工具形成许多其他程序的输入文件。
- TETRAD quartet species tree inference
- RAxML concatenation tree inference
- BPP species tree and delimitation
- BUCKY concordance tree inference
- STRUCTURE population structure
- STRUCTURE with pop assignments
- ABBA BABA admixture
- TREEMIX admixture graph inference
其他的jupyter notebooks¶
- 读者可在这进行补充