ipyrad：RAD-seq数据集交互式组装分析软件¶
欢迎使用ipyrad，一个交互式的组装工具和限制性位点相关的基因组数据集（例如RAD,ddRAD, GBS），可应用于群体遗传学和谱系地理学研究。
在本文档中，读者能够学习到ipyrad的各个特征（特征），设计理念（精要）以及更多的细节（软件运行指导）。几个新的分析工具也包含在内，利于下游分析。
有关于ipyrad任何疑问，欢迎加入讨论组。
Contents:
- ipyrad精要
- 特征
- 安装
- 输入文件
- 组装步骤和分枝方法
- 组装参数
- 0. Assembly name
- 1. Project dir
- 2. Raw fastq path
- 3. Barcodes path
- 4. Sorted fastq path
- 5. Assembly method
- 6. Reference sequence
- 7. Datatype
- 8. Restriction_overhang
- 9. max_low_qual_bases
- 10. Phred_Qscore_offset
- 11. mindepth_statistical
- 12. mindepth_majrule
- 13. Maxdepth
- 14. clust_threshold
- 15. max_barcodes_mismatch
- 16. filter_adapters
- 17. filter_min_trim_len
- 18. max_alleles_consens
- 19. max_Ns_consens
- 20. max_Hs_consens
- 21. min_samples_locus
- 22. max_SNPs_locus
- 23. max_Indels_locus
- 24. max_shared_Hs_locus
- 25. trim_序列片段
- 26. trim_loci
- 27. output_formats
- 28. pop_assign_file
- 组装方法
- 软件运行指南
- Jupyter和ipyrad API
- ipyrad分析工具
- 版本笔记
- 支持
- FAQ